药品代理面对医疗体制改革，牵一发而动全身：既要初步建立国家基本药物制度，又要加快推进基本医疗保障制度建设；一方面要健全基层医疗卫生服务体系，另一方面还要推进公立医院改革试点。一系列的改革措施对药品代理商而言是福也是祸。祸兮福之所倚，福兮祸之所伏，福祸是可以相互转化的。新医改对药品代理的影响已经凸显，一个可能就是进行新一轮的洗牌。
面对瞬息万变的药品招商市场，以及医改的基本药物“定点制度”将不可避免地加大行业集中度，一定会有很多中小企业元气大伤甚至垮掉，新医改将促使药品代理向有实力的大企业靠拢，同时更加细分代理行业。事物的变革中往往蕴藏着机遇，一旦逮着将一发而不可收拾，药品代理在新医改下如何生存，就看如何寻找、抓住机会了。
分析新医改方案，得出的结论是药品代理商以后的日子不会太好过。原因在于基本药物由国家实行招标定点生产或集中采购、直接配送，减少中间环节，在合理确定药品招商企业生产环节利润水平的基础上统一制定零售价。这意味着，中间环节的不合理利润会大大压缩，作为中间环节之一的药品代理商数量也会大量减少。虽然说新医改对代理商的冲击不可避免，但药品代理商完全淡出中间代理，是不太可能的事情。
长期以来药厂并没有自己的营销团队，是药品代理组建了自己的队伍，向外推广药品。最受集中采购影响的主要是入列基本药物目录的产品，而更多游离在目录之外的自费药品仍然需要药品代理商的努力，才能打开和推动市场。如果药品代理商能从以上三个方面开拓业务，也许祸事就变好事了，冲击也会降到最小。